O tempo restante era para as missas, as orações, a alimentação e a dormida. No mês de Maio do ano de 1808, vários engenheiros e médicos militares visitaram o Convento de São Bento da Saúde, com vista a instalarem nele um hospital militar. Quando foram visitados pelos engenheiros e médicos militares, os frades não gostaram da graça e consideraram isso um abuso, uma vez que já tinham cedido parte do convento da Estrela. E diziam eles que, uma vez ainda vá, agora duas ...! Requereram, por isso, a Junot, no sentido de não serem ocupados e pediram a protecção do Conde da Ega. Como o convento não foi ocupados nessa altura, concluíram que isso se ficara a dever à à protecção do dito conde da Ega, facto que este não só nunca negou como logo aproveitou para pedir emprestadas 40 moedas de ouro ao Prior. Este deve ter-se arrependido mil vezes de as ter emprestado, pois logo no dia 22 de Agosto desse mesmo ano, o Intendente Geral da Polícia Francesa expediu um Aviso em que obrigava os frades a franquearem o convento, para ali se instalar um hospital, para receber os soldados franceses feridos na batalha do Vimeiro, que chegaram logo nos dias 23 e 24 de Agosto e passavam de setecentos. Depois disso, o convento serviu para instalar outros hospitais, nomeadamente o dos soldados ingleses, único que tinha a especial característica de dispor de enfermeiras inglesas, e que se supõe serem familiares das tropas estacionadas em Portugal. E, no que respeita à saúde acabou por ser Depósito de Convalescentes, o chamado Hospital dos Soldados Portugueses Convalescentes. Depois disso, este convento serviu para instalar as Cortes, em 1834, depois a Câmara dos Pares e dos Deputados, a Assembleia Nacional e a Câmara Corporativa, o Arquivo Nacional da Torre do Tombo e hoje a Assembleia da República. O Convento em que actualmente está instalado o Hospital da Estrela, foi construído pelos frades da Ordem de São Bento de Tibães, em 1572 ou 73 e é considerado pelos historiadores, o primeiro convento beneditino de Lisboa. Foi construído na chamada Quinta de Campolide, que pertencia ao Governador da Guiné, Luís Henriques que, por desmandos vários, seus e do seu genro Duarte Peixoto da Silva, a hipotecara a um negociante do Algarve, António Nunes, a quem estava devedor de uma grande soma de dinheiro e com quem andava em litígio. Teria sido o Cardeal D. Henrique a resolver o diferendo, mandando pagar a dívida e dando ainda uma indemnização ao capitalista algarvio, para que os frades construíssem ali o seu convento. Esta é uma versão, apenas uma versão, como sucede muitas vezes nestas coisas da História. Há quem diga que o que verdadeiramente se passou, foi que os frades beneditinos tinham ocupado a quinta do Governador da Guiné, sem permissão, e que quando este regressou e verificou tal facto, ficou furioso e explodindo de raiva. Mas quando viu a igreja que os frades tinham arranjado, a sua beleza e religiosidade, terá acalmado, felicitado os frades e deixando-os ficar.
Tenha sido assim ou assado, há uma coisa em que a História concorda – é sabido que Luís Henriques ficou viúvo e logo de seguida se fez frade naquele convento e naquela Ordem. Quando morreu, os frades fizeram uma lápide em que escreveram «aqui jaz Paulo Henriques(ou Luís?), religioso de São Bento, o qual fez estas casas antes de monge, que depois foi neste mosteiro. Faleceu a 9 de Junho de 1575».Há uma história que eu gostava de vos contar e que se prende com a razão do convento se situar aqui. História ou lenda, quem saberá? Diz-se, e vamos ficar por esta forma, que Frei Plácido de Vila Lobos, juntamente com Frei Pedro Chaves, teria vindo a Lisboa ver o que se passava com os frades da sua ordem, porque constava que algo de anormal se passava. Terá concluído que se tornava necessário encontrar instalações condignas e que seria útil para os frades trabalharem na construção do seu convento, pelo que se pôs à procura de um local que fosse indicado para o convento. E um dia, após o sermão que acabara de fazer na igreja do convento das Religiosas na Esperança, quando descia as escadas do púlpito, apareceu-lhe ao fundo delas, um homem idoso e de ar nobre, todo vestido de preto, que lhe terá dito que sabendo que ele procurava um local indicado para construir o convento dos beneditinos, ele sabia desse local ideal para o construir e estava disposto a mostrar-lho. E, logo de seguida, o terá levado à chamada Quinta de Campolide, que Frei Plácido Vila Lobos adorou. E quando se virou para lhe agradecer e manifestar o seu interesse naquele local, o homem tinha desaparecido, como por encanto, o que terá levado Frei Plácido a pensar que tinha sido o seu Santo Patriarca que, daquela forma, o viera ajudar.
Por Aviso de 21 de Novembro de 1817, da Secretaria de Estado dos Negócios da Guerra, foi decidida a ocupação e utilização de parte deste Convento, então com o nome de Colégio de Nossa Senhora da Estrela, desde que passara a ser exclusivo do noviciado, para ali se instalar a Repartição dos Hospitais Militares, ou 6ª. Repartição e no ano seguinte a Botica Geral do Exército, tendo esta ocupado o refeitório e servindo-lhe de armazéns, os corredores superior e inferior que correm ao lado da Igreja, do lado da porta do Evangelho.
No ano de 1834, foi transferido para este Convento, o Hospital Real Militar da Corte, que até então funcionara nas Janelas Verdes (Hospital de São João de Deus e que entretanto tomara a designação de Hospital Militar de Lisboa) e posteriormente em Xabregas.
Só em 1851, por Decreto de 6 de Outubro, se pode considerar como definitiva a sua instalação. Um Decreto de 2 de Dezembro desse mesmo ano, dá-lhe o nome de Hospital Militar Permanente de Lisboa. Já no século XX, passou a chamar-se Hospital Militar Principal, nome que ainda mantém.
E, se é verdade que foi ela a criá-las com o seu poder e despacho régio, não é menos certo que a ideia, e esta é que conta, se deve não a ela, mas a alguém mais versado na arte de pensar e mais virtuoso de sentimentos, por profissão. Não por nacionalismo irracional, mas porque lamento que assim tenha sucedido e não tenha aparecido um português com essa ideia, tenho que confessar que se deve a um espanhol a ideia e o empenho da criação das misericórdias. Chamava-se esse espanhol de nação, como então se dizia, Frei Miguel de Contreiras, nascido em Valência ou em Segóvia, não se sabe ao certo, religioso trinitário, quer dizer da Ordem da Santíssima Trindade, que em 1481 veio viver para Portugal, onde começou a pregar o socorro à pobreza e o alívio e tratamento dos doentes, como as manifestações mais «levantadas» da piedade. A sua palavra e a sua acção depressa se fizeram notar. 
Corria a cidade de Lisboa sempre acompanhado de um anão que conduzia um burro, com grandes alforges para recolher as dádivas em géneros que a população lhe oferecia por ele ser para eles o pai dos pobres, como lhe chamavam. Depois quando chegava ao largo da Sé, procedia à distribuição dos géneros recebidos por todos os necessitados que ali recorriam. E guardava alguns géneros para, pessoalmente, os ir levar aos presos das cadeias e a doentes acamados nas suas casas. Passado pouco tempo passou a ser o confessor da rainha e, como tal, a ter um acesso fácil à pessoa real e a possibilidade, se bem trabalhada, de influenciar o pensamento da rainha e levá-la a pensar nos problemas que ao frei Miguel Contreiras pareciam inadiáveis. E de tal maneira sensibilizou a rainha para a necessidade de se fazer algo que, em 1498, foi criada com solenidade, no claustro da Sé de Lisboa, mais propriamente na Capela de Nossa Senhora da Piedade, também conhecida por Capela da Terra Solta, porque o pavimento era em terra, a Confraria de Nossa Senhora da Misericórdia.
Mas, além do papel da rainha e de Frei Miguel Contreiras há que destacar a acção do Cardeal de Alpedrinha, D. Jorge da Costa que vivia em Roma e era pessoa de grande entendimento e que esteve várias vezes para ser Papa. Quando da eleição de Júlio II este ter-lhe-á dito que só era Papa em nome porque na realidade era ele o verdadeiro Papa. Já tinha sido conselheiro da rainha quando esta quis fazer o Hospital Termal das Caldas da Rainha e mais uma vez foi a pessoa a quem a rainha pediu ajuda e opinião antes de criar a Misericórdia. Terá sido por sua opinião que se seguiria o modelo de Florença no futuro Compromisso da Misericórdia de Lisboa. O Cardeal de Alpedrinha devia ser muito bom homem e na graça de Deus, pois sendo muito baixa a longevidade daquele tempo, ele conseguiu viver até aos 102 anos, devendo ser uma verdadeira excepção só explicável por graça divina.
E, desde então, foram os enfermos, até aí, sem amparo recolhidos numas casas provisórias, no Largo de Santo António, concedidas pelo Senado. Esta Confraria teria a sua sede nesta Capela até ao ano de 1534, ano em que foi transferida para um sumptuoso templo mandado construir por D. Manuel I, no local onde hoje se encontra a Igreja da Conceição Velha, na Rua da Alfândega e que já foi inaugurada por D. João III. Era uma igreja em estilo manuelino, sendo seus arquitectos Diogo Boytac e João de Castilho e que rivalizava com o Mosteiro dos Jerónimos e foi completamente destruída no terramoto de 1755. Da sua beleza ainda hoje se pode ajuizar pois a única parte que não foi destruída pelo terramoto, foi uma porta lateral virada a sul e que hoje representa a porta frontal da actual Igreja da Conceição Velha.
Ocupava uma grande área e além da grandiosa Igreja da Misericórdia de Lisboa que tinha de largura o actual comprimento da Igreja da Conceição Velha, tinha edifícios destinados a dois recolhimentos, secretaria, cartório e serviços administrativos. Nessa cerimónia foi estabelecido um Compromisso ou um regulamento como hoje dizemos, baseado no existente em Florença numa organização análoga e já existente desde 1350. O compromisso estabelecia que a Misericórdia não se destinava só a ter e gerir hospitais mas a cumprir as 14 obras de misericórdia, as sete do corpo e as sete do espírito. Que tudo se fizesse para tornar iguais os desgraçados aos afortunados. Auxiliavam-se as donzelas pobres a casar, as viúvas pobres com alimentos e dinheiro, os peregrinos com pousada e ajuda, os presos com advogados que os defendessem, os mortos com a possibilidade de enterros dignos e sobretudo os doentes com agasalho e curativo. Quando tudo isto se passou estava D. Manuel em Espanha, mas quando regressou, apoiou a acção da irmã e logo que pôde promoveu todos os meios possíveis para o desenvolvimento da Misericórdia, pelo que em 1516 criou uma dotação especial a que chamou a obra pia e mandou erigir um templo digno para aquela Confraria que acabou por ficar digna como ele pretendia, mas que infelizmente não chegou a ver. Após a destruição pelo terramoto de 1755 da Misericórdia da Rua da Alfândega, foram os seus serviços espalhados por vários edifícios alugados ou cedidos. E só no tempo de D. José e do Marquês de Pombal se resolveu esta situação insustentável, quando por Carta Régia de 6 de Fevereiro de 1768 foi entregue à Irmandade os edifícios que constituíam a Casa Professa dos Jesuítas e a magnífica Igreja de São Roque com os seus tesouros de arte sacra e que se encontravam devolutos havia meses por expulsão da Companhia de Jesus.
E, hoje continua a ser a sede da Misericórdia de Lisboa. Com o passar dos anos as Misericórdias foram espalhando-se por todo o país. Logo em 1498, Lagos, Tavira, Montemor-o-Velho, Angra do Heroísmo e Vila Praia da Vitória. No ano seguinte, Porto, Évora e mais umas tantas. Em 1500, Coimbra; Beja, Ponta Delgada e outras. Em 1501 apenas a de Setúbal e em 1502 a de Santarém e Olivença e quase todos os anos se foram fundando outras de que destaco a da minha terra natal, Chaves que data de 1516. No século XV fundaram-se 23 e 139 no século XVI. Todos os séculos se foram fundando Misericórdias e já no século XX ainda se fundaram 107. Com os descobrimentos portugueses as Misericórdias foram sendo criadas pelo mundo fora, existindo já em 1504 a de S. Tomé, a de Ponta Delgada em 1500 e a de Goa em 1511. Passou a ser normal que por cada Misericórdia que se fundasse se constituísse um hospital sob administração daquela Confraria. E a administração mostrou ser eficaz de tal modo que esta situação se manteve por vários séculos e ainda hoje vamos encontrar a vocação hospitalar das nossas Misericórdias, que tendo perdido alguns dos seus hospitais na sequência do 25 de Abril de 1974, têm vindo a recuperar essa função, dando provas de eficácia e qualidade de serviços. Nunca a Igreja e o seu poder estabelecido estiveram ausentes do processo de transformação dos cuidados hospitalares. Quando D. João II pensou em reunir as dezenas de pequenos hospitais de Lisboa num só, o de Todos os Santos pediu a devida autorização papal que lhe foi concedida por Bula papal de Sixto IV, em 13 de Agosto de 1479, mas apenas para ter efeito em Lisboa. Apenas em 21 de Fevereiro de 1485 o Papa Inocêncio VIII, através de Bula estendeu essa autorização a todo o país. O Hospital de Todos os Santos foi um dos que esteve sob administração da Misericórdia por alvará de D. Sebastião em que diz que faz essa entrega porque « por se ter visto, por experiência de muitos anos a fidelidade e zelo, fervor e caridade, com que os irmãos servem os cargos da dita irmandade e aceitam e sofrem os trabalhos dela, pelo que se deve com razão esperar redução de gastos e de muitos ordenados... por isso em todas as cidades e vilas do Reino se entregava às Misericórdias a administração e governança dos seus hospitais».
Começaram a deitar dois doentes por cama, como naquela época sucedia em vários hospitais da Europa e às vezes mesmo três. Por baixo destas enfermarias havia várias salas onde se acolhiam os peregrinos e os pobres que pediam esmola pela cidade. O pessoal médico era constituído inicialmente por um médico e dois cirurgiões, um dos quais dormia no hospital, mas passado pouco tempo eram já dois médicos e três cirurgiões e mais um mestre que curava o morbo serpentino. A arquitectura deste hospital era extremamente moderna e funcional, Para além daquele pormenor já referido de os doentes poderem assistir à missa das suas camas, causava admiração a quem visitava o hospital a forma como as camas estavam construídas, tendo todas um cacifo superior onde se guardava a roupa do doente e havia um sistema de porta falsa que permitia retirar os cadáveres dos doentes quando estes morriam, sem que os outros doentes disso se apercebessem. Havia também enfermeiros e enfermeiras para tratarem exclusivamente doentes do mesmo sexo.
