Não se pense que a situação médica em Portugal era muito diferente da que havia nos outros países da Europa e que os médicos militares eram mais mal preparados do que os civis. Nada disso. Eram todos iguais. Mas os militares sentiam a necessidade de ter bons cirurgiões para poderem tratar os seus feridos. Daí que tenha surgido a ideia de criar Aulas de Anatomia e Cirurgia onde se ensinassem cirurgiões de modo a que, futuramente, se pudesse contar com a colaboração de melhores cirurgiões.
A primeira Aula que se criou foi em Almeida, zona do país onde havia um grande esforço de guerra na data em que foi criada, 1773. Passados dez anos foi criada a Aula de Elvas e três anos depois coube a vez a Tavira de ter a sua Aula de Anatomia e Cirurgia. Só 6 anos depois, em 1789 foi criada aquela que viria a ser a mais importante Aula de Anatomia e Cirurgia, entre todas as que foram criadas incluindo a do Porto, e que foi a Aula de Anatomia e Cirurgia de Chaves, praça de guerra fronteiriça com Espanha e através desta com a Europa. Há que ter em conta que estas terras onde foram criadas as Aulas eram terras onde se fazia um grande esforço de guerra, e que, por outro lado, eram pouco fornecidas de assistência médica civil; para isso contava a distância a que se encontravam da capital e das cidades mais importantes, estando completamente entregues ao abandono e aos cuidados de médicos pouco sabedores que só ali se fixavam porque não conseguiam vingar profissionalmente em terras mais prósperas e com concorrência de outros colegas. Claro que havia excepções e alguns bons médicos se fixaram nessas terras por razões de amor à sua terra e familiares.
Embora pudesse referir aqui as razões directas que levaram à formação das outras Aulas, vou contar-vos apenas as razões que levaram à formação da Aula de Chaves, cidade onde me encontro neste momento. Quis o acaso que a viúva de D. José, a Rainha Mariana Vitória, partisse a 9 de Outubro de 1777, para uma visita a Madrid e que o percurso escolhido incluísse nesse trajecto a passagem por Chaves.
Como era hábito em todas as deslocações reais, a Rainha e sua comitiva fizeram-se acompanhar dos seus médicos privativos. Era então médico da Casa Real, recém nomeado, Manuel José Leitão, homem inteiro, de carácter, bom profissional e zeloso da saúde dos doentes. Ao passar por Chaves ficou espantado com o que viu e decidiu imediatamente que tinha que fazer o que lhe fosse o possível para inverter aquela situação e dotar a cidade de bons cirurgiões. No seu regresso a Lisboa faz um requerimento em que dava conta do estado deplorável do hospital militar de Chaves, «solicitando a sua nomeação como cirurgião mor para a praça de Chaves com as funções de inspecção da cirurgia do banco tal como se passava no hospital de S. João de Deus desta Corte». Este requerimento não foi deferido e Manuel José Leitão insiste, oferecendo-se então para ensinar Cirurgia aos cirurgiões ajudantes dos Regimentos e a «todos mais que quiserem aprendê-la». Manuel José Leitão conseguiu apenas ser nomeado como cirurgião mor do Regimento de Cavalaria de Chaves e apenas em Março de 1786. Mas ele não era homem para desistir dos seus propósitos e há documentos que comprovam que em 1788 se perguntava a opinião do Governador das Armas sobre a pretensão de Manuel José Leitão de «formar uma Aula de Cirurgia». A sua persistência conseguiu os seus frutos e em Abril de 1789, o ministro Sousa Coutinho escrevia ao Governador das Armas, Gomes de Sepúlveda, dizendo que «a Rainha Nossa Senhora manda que se façam na Casa da Guarda da Madalena, os consertos e reparos necessários para que ali se instale a Aula de Cirurgia e Anatomia, para se dar princípio à leitura e operações com toda a brevidade possível e manda que aprove interinamente os estatutos que lhe serão apresentados pelo professor, devendo enviar uma cópia à Secretaria de Estado».
Manuel José Leitão tinha ganho esta batalha, mas não tinha ganho a guerra em que se tinha metido e que a partir dessa data se manteve sempre acesa entre ele e o administrador Frei José da Natividade, religioso da Ordem de São João de Deus e inglês de nação, por divergências permanentes quanto à forma de melhor se instalar a Aula. Com discussões ou sem elas, Manuel José Leitão, pôs rapidamente em marcha a instalação da Aula e requisitou o material necessário para as dissecções anatómicas e para as operações e partos. A relação dos instrumentos é muito curiosa, mas impossível de aqui referir na íntegra, mas obriga a que, pelo menos, se refiram duas coisas que ele pede, por serem particularmente curiosas – «uma parturiente artificial de camurça para nela aprenderem os praticantes as manobras dos partos. Um boneco de pau «vernizado» que represente um rapaz de 12 ou 14 anos, com gonzos nas pernas e braços para nele se ensinarem as ligaduras». E acrescenta – «este cá se pode mandar fazer». Não vou alongar-me a falar das guerras entre o professor e o administrador, mas sempre digo que foi de sempre a luta entre os médicos e as finanças. Não vou sequer deter-me nos pormenores das enfermarias. Dir-vos-ei apenas que elas se situavam neste edifício que ainda agora aqui se vê e em dependências por trás da capela do altar mor desta belíssima igreja. Mas não posso deixar de vos contar, porque isso se prende com as famosas Caldas ou Termas de Chaves, hoje mais procuradas que nunca (possuindo o balneário mais moderno da Europa e funcionando quase todo o ano), porque já naquele tempo, constava no plano de Manuel José Leitão a construção de um compartimento para nele se darem banhos das Caldas, «vindo a água em cargas desde o nascimento dela» e entrando directamente pela ponte romana pelo que «esta dependência deve ter uma porta para aquela ponte, evitando-se assim a carga ter de dar uma grande volta e subir muitas escadas».
Outra coisa a referir é a forma como Leitão entende que a enfermaria dos feridos deve ter uma comunicação fácil com a Aula de anatomia, para por ali passarem os cadáveres para as dissecções anatómicas sem serem vistos de fora e para que os seus fragmentos, depois de anatomizados, possam passar para o cemitério por uma escada de pau que para ela se pode fazer por estar muito próximo destas obras.
O curso que Leitão ministrava durava 4 anos e nele se ensinava anatomia, fisiologia, patologia externa, higiene, medicina operatória, arte obstétrica e prática e clínica cirúrgica que era a única cadeira do 4º ano.
Manuel José Leitão faleceu em 1797 e foi substituído por Manuel José Sampaio, interinamente mas «na esperança de o vir a ser de propriedade», o que não veio a suceder. Em 23 de Março de 1802 foi nomeado, por decreto real, Frei António de S. Frutuoso, homem de vários nomes e várias fés. De seu nome de baptismo, António José Rodrigues, entra ainda estudante para a Ordem de S. João de Deus com o nome de frei António de S. Frutuoso e por volta de 1815 resolve abandonar a ordem e secularizar-se adoptando o nome de António do Rego, nome com que embarca para o Brasil como 1º médico da Divisão de Voluntários do Príncipe. Antes de se ter formado em medicina em Coimbra aprendeu na universidade, matemática, filosofia e química. Frei António de S. Frutuoso não era cirurgião, mas sim médico, mas mesmo assim foi nomeado lente de cirurgia. Resolveu logo alterar o curso, passando este a durar cinco anos em vez dos quatro que até aí durava. No 1º ano dava anatomia, no 2º fisiologia e patologia cirúrgica, no 3º partos, matéria médica, preceitos de formular e vírus venéreo, no 4º princípios de cirurgia e operações e no 5º ano cirurgia prática. Só no 5º ano é que os alunos tinham autorização para frequentarem o hospital, para «tirar a história aos doentes e explicarem os sintomas».
Chame-se a atenção para o facto que Manuel José Leitão já tinha exigido que os alunos soubessem ler, escrever e contar, saber latim ou francês. Frei António de S. Frutuoso continuou a fazer esta exigência e acrescentou a Filosofia racional, mas tal não foi permitido porque «na província de Trás-os-Montes tal se não pode exigir».
Embora existam documentos que dizem que esta Aula de Anatomia e Cirurgia terminou em 1811, isso parece-me totalmente falso, pois existem outros documentos que se referem ao seu funcionamento ainda em 1814.
Foram abrindo várias – Montpellier, Paris, Bolonha, Nápoles, Palermo, Salamanca – esta última criada em 1215, por Afonso IX. Naturalmente que em Portugal também se sentia essa vontade de melhorar o ensino, embora os sinais tenham sido um pouco tardios em relação à Espanha, França e Itália. A primeira notícia que se conhece relativa à fundação da universidade portuguesa, data de 1288 e consta de uma carta escrita em latim e dirigida ao papa, em que vários dignitários da Igreja, como o Abade de Alcobaça, os Priores de Santa Cruz de Coimbra, São Vicente de Lisboa, Santa Maria de Guimarães e Santa Maria de Alcáçova de Santarém, juntamente com mais 22 Reitores de diversas igrejas, solicitam «autorização para aplicarem as rendas eclesiásticas provenientes dos seus mosteiros e igrejas, no pagamento de um estabelecimento de Estudo Geral e dos mestres para ele necessários, uma vez que por falta dele, muitos desejosos de estudar e entrar no estado clerical, atalhados com a falta de despesas e descomodos dos caminhos largos e ainda dos perigos de vida, não ousam e temem ir estudar a outras partes remotas, receando estas incomodidades, de que resulta apartar-se de seu bom propósito e ficar no estado secular contra vontade». Esta carta deveria ter sido assinada pelos Bispos e preferencialmente pelo Rei, mas havia divergências várias entre os subscritores da carta e o Rei, por estes andarem a litigar com D. Dinis sobre jurisdições. Dois anos demorou o Papa Nicolau IV a responder a esta carta e a comunicar o seu acordo aos Estudos Gerais, o que fez através de Bula papal, publicada em Orvieto, em 9 de Agosto de 1290. Mas D. Dinis tinha-se antecipado ao Papa e tinha ordenado a criação do Estudo Geral, em Carta Régia dada em Leiria, em 1 de Março de 1290, para funcionar em Lisboa e onde se ensinaria Direito Civil, Direito Canónico, Medicina e Artes, estabelecendo-se que o grau de licenciado (o que tem licença) seria obtido perante o Bispo ou o Vigário Capitular de Lisboa e a sua obtenção permitiria, com a dispensa de qualquer outro exame, o exercício da profissão e o direito de ensinar. 
O que parece ter sido uma falta de respeito para com o Papa, por parte de D. Dinis, pode não o ter sido e este ter dado autorização oral, antes de dar a Bula. De facto, nela se lê, em determinada altura «Nicolaus Episcopus...Dilectis Filiis Universitati Magistrorum, et Scholarium Ulixbon, salutem et Apostolicum benedictionem...», o que faz supor que o Papa já tinha conhecimento do Estudo Geral, quando de uma forma tão clara e tão descriminada se refere a professores e alunos da Universidade de Lisboa.
Instalada desde 1290 em Lisboa a Universidade portuguesa, sofreu durante séculos mudanças constantes, ao sabor das vontades e conveniências do poder, dos professores e penso que nunca dos alunos, nem do ensino, ele próprio, embora a maioria das vezes a justificação primeira para fundamentar a mudança, fosse em nome de um melhor ensino, ora para afastar os estudantes da cidade grande e da perdição que oferecia, com consequente afastamento das aulas, ora por razões de facilidade de contratar mestres estrangeiros que só se queriam ver na cidade grande, onde podiam ganhar mais. Diziam. Mas, seria assim? A verdade é que logo dezassete anos depois, em 1307, a Universidade foi transferida para Coimbra e instalada no edifício que mais tarde viria a ser o Colégio de S. Paulo e aonde hoje se encontra a Faculdade de Letras. A cidade dispunha nessa data do Hospital de São Marcos e do Hospital de Santa Isabel da Hungria situado junto do Convento Velho de Santa Clara e fundado pela Rainha Santa Isabel, em 1290, ano em que a universidade foi criada em Lisboa.
Desde 1290 até 1493, o curso de medicina tinha apenas uma cadeira. Foi D. João II quem ordenou que o curso passasse a ter duas cadeiras – a de Prima e a de Véspera.
No tempo em que só havia uma cadeira o grau de licenciado era obtido ao fim do tempo que o Lente determinasse e que era variável de aluno para aluno e dependia do grau de interesse e aplicação que este demonstrasse ou da menor ou maior simpatia que o Lente tivesse por ele.
Após os Estatutos Manuelinos, passou a ser necessário à obtenção do grau de Bacharel uma frequência de 5 anos e previamente obter o grau de Bacharel em Artes. Para obter a Licenciatura havia teses e defesa de argumentos, em pontos tirados de Avicena e Galeno. Para a obtenção do grau de Doutor era necessária uma lição e uma rápida discussão.
As ordens religiosas tiveram, desde sempre, uma grande mobilidade que tem a ver com a acção missionária que sempre as caracterizou. Não é de estranhar, portanto, que nos conventos portugueses houvesse frades de outras nacionalidades, que com eles traziam os conhecimentos e as práticas dos países de onde vinham ou eram naturais. Por outro lado, os frades sempre foram dados à leitura, meditação e conservação das informações recebidas ou por eles produzidas. Os conventos tinham as suas próprias bibliotecas e durante muitos séculos nelas se depositava o que de melhor, e nalguns casos de pior, se tinha produzido pela mente humana.
Mas, evidentemente, já naquele tempo e mesmo com frades, alguns houve que se esqueciam dessas recomendações e tinham um bolso grande que gostavam de ver bem cheio com moedas de ouro. Isso era tão escandaloso que foram publicados éditos vários desaconselhando a prática da medicina por parte dos frades.
Este convento tinha sido construído pelos monges procedentes de um antigo Instituto de Coimbra, chamado de D. Paterno e que desde sempre mostraram grande aptidão para o exercício da medicina. Foi fundado nos finais do século XI, com licença concedida pelo Bispo. Esta aptidão para a acção médica era também uma realidade no Instituto de D. Jardo, Bispo de Évora e Lisboa e que resultara da transformação em 1266 do chamado Hospital de São Paulo em Colégio de São Paulo, São Elói e São Clemente, onde foram admitidos dez capelães, vinte merceeiros e seis estudantes para fazerem estudos de latim, grego, teologia e cânones, e também no Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça, nos Conventos de São Domingos e de São Francisco. Citei este número para mais podermos admirar a acção dos 3 únicos frades que saíram do Instituto de D. Paterno para se atirarem à obra de edificarem o Convento de Santa Cruz de Coimbra. Já o convento de Santa Cruz estava edificado e com frades bastantes, foi decidido pelo Prior enviar um dos frades a Paris para naquela avançada cidade se instruir em matéria médica e na acção médica de então, para que, depois, se pudesse dar início a uma escola médica naquele convento. Uma atitude inteligente e de aplaudir, tanto então como hoje. O que talvez seja de lamentar, então e hoje, é que o frade escolhido para ir para Paris tenha sido Mendo Dias, que era nem mais nem menos que sobrinho do Prior. Não está em causa se ele era a pessoa indicada. Talvez fosse. O que está em causa, então e hoje, é que à mulher de César não basta ser séria e é preciso que também o pareça. Então como hoje, um certo proteccionismo, uma certa forma de nos sentarmos à mesa do poder... Afirme-se também que depois de Mendo Dias, outros frades houve que também passaram por Paris...
O Convento de Rilhafoles, também conhecido por Hospital de Rilhafoles, foi o Convento de São Francisco de Paula, em Rilhafoles, da 
Porque o número de doentes tinha crescido muito e ultrapassava já muito a dotação de 300 doentes para que fora criado e que então era já de meio milhar, entendeu Miguel Bombarda que era necessário construir novos edifícios para internamento dos doentes excedentes e um pavilhão especial para os chamados alienados criminosos ou perigosos, o chamado pavilhão de segurança, mais tarde chamado de oitava enfermaria. Miguel Bombarda mandou fazer, para além destes edifícios, percursos pedonais entre os jardins, rapidamente baptizados de «passeios dos alegres». O pavilhão de segurança começou a funcionar em 1896 e pretendia dar cumprimento a uma Lei de 1889 que mandava que os alienados criminosos fossem internados e tratados em enfermarias anexas às penitenciárias e nas que lhes fossem reservadas no hospital de Rilhafoles. Miguel Bombarda deu nova interpretação a esta Lei e entendeu que o Pavilhão de Segurança não seria apenas para os alienados criminosos, mas também para aqueles que se mostrassem perigosos ou com uma maior tendência para a fuga, obrigando a maiores cautelas na sua guarda. Para ele os alienados perigosos num hospital são doentes como os outros e por outro lado, doentes há que não sendo criminosos são ainda mais perigosos que esses. Este Pavilhão, como podem ver, dispunha-se de uma forma circular, dentro do conceito arquitectónico da época, o chamado sistema panóptico, de que era grande defensor o arquitecto Jeremy Bentham e muito usado nas novas cadeias em que as celas se desenvolviam em círculo, com dois pisos e à volta de um páteo coberto. Este sistema permitia uma vigilância constante e fácil de todos os presos, uma vez que as celas tinham portas de grades e deixavam ver o que se passava no seu interior. Mas, Miguel Bombarda e quem fez o desenho da obra, sabiam bem que aquilo não era uma cadeia, mas sim um hospital. Por isso o pavilhão de segurança tem a forma circular, mas não se encerra sobre si próprio, mas antes se abre para um jardim, por onde os doentes circulam quando se deslocam ao refeitório ou sanitários. Também não tem portas de grades, mas portas de madeira, defendendo a privacidade dos doentes. Reparem nestes bancos corridos entre as portas dos quartos, cuidadosamente boleados, para não terem arestas vivas que podiam ser perigosas em doentes muitas vezes agitados, do mesmo modo que a transição das paredes para as portas era também arredondada. As portas possuem um óculo para vigilância.
O tempo restante era para as missas, as orações, a alimentação e a dormida. No mês de Maio do ano de 1808, vários engenheiros e médicos militares visitaram o Convento de São Bento da Saúde, com vista a instalarem nele um hospital militar. Quando foram visitados pelos engenheiros e médicos militares, os frades não gostaram da graça e consideraram isso um abuso, uma vez que já tinham cedido parte do convento da Estrela. E diziam eles que, uma vez ainda vá, agora duas ...! Requereram, por isso, a Junot, no sentido de não serem ocupados e pediram a protecção do Conde da Ega. Como o convento não foi ocupados nessa altura, concluíram que isso se ficara a dever à à protecção do dito conde da Ega, facto que este não só nunca negou como logo aproveitou para pedir emprestadas 40 moedas de ouro ao Prior. Este deve ter-se arrependido mil vezes de as ter emprestado, pois logo no dia 22 de Agosto desse mesmo ano, o Intendente Geral da Polícia Francesa expediu um Aviso em que obrigava os frades a franquearem o convento, para ali se instalar um hospital, para receber os soldados franceses feridos na batalha do Vimeiro, que chegaram logo nos dias 23 e 24 de Agosto e passavam de setecentos. Depois disso, o convento serviu para instalar outros hospitais, nomeadamente o dos soldados ingleses, único que tinha a especial característica de dispor de enfermeiras inglesas, e que se supõe serem familiares das tropas estacionadas em Portugal. E, no que respeita à saúde acabou por ser Depósito de Convalescentes, o chamado Hospital dos Soldados Portugueses Convalescentes. Depois disso, este convento serviu para instalar as Cortes, em 1834, depois a Câmara dos Pares e dos Deputados, a Assembleia Nacional e a Câmara Corporativa, o Arquivo Nacional da Torre do Tombo e hoje a Assembleia da República. O Convento em que actualmente está instalado o Hospital da Estrela, foi construído pelos frades da Ordem de São Bento de Tibães, em 1572 ou 73 e é considerado pelos historiadores, o primeiro convento beneditino de Lisboa. Foi construído na chamada Quinta de Campolide, que pertencia ao Governador da Guiné, Luís Henriques que, por desmandos vários, seus e do seu genro Duarte Peixoto da Silva, a hipotecara a um negociante do Algarve, António Nunes, a quem estava devedor de uma grande soma de dinheiro e com quem andava em litígio. Teria sido o Cardeal D. Henrique a resolver o diferendo, mandando pagar a dívida e dando ainda uma indemnização ao capitalista algarvio, para que os frades construíssem ali o seu convento. Esta é uma versão, apenas uma versão, como sucede muitas vezes nestas coisas da História. Há quem diga que o que verdadeiramente se passou, foi que os frades beneditinos tinham ocupado a quinta do Governador da Guiné, sem permissão, e que quando este regressou e verificou tal facto, ficou furioso e explodindo de raiva. Mas quando viu a igreja que os frades tinham arranjado, a sua beleza e religiosidade, terá acalmado, felicitado os frades e deixando-os ficar.
Tenha sido assim ou assado, há uma coisa em que a História concorda – é sabido que Luís Henriques ficou viúvo e logo de seguida se fez frade naquele convento e naquela Ordem. Quando morreu, os frades fizeram uma lápide em que escreveram «aqui jaz Paulo Henriques(ou Luís?), religioso de São Bento, o qual fez estas casas antes de monge, que depois foi neste mosteiro. Faleceu a 9 de Junho de 1575».
E, se é verdade que foi ela a criá-las com o seu poder e despacho régio, não é menos certo que a ideia, e esta é que conta, se deve não a ela, mas a alguém mais versado na arte de pensar e mais virtuoso de sentimentos, por profissão. Não por nacionalismo irracional, mas porque lamento que assim tenha sucedido e não tenha aparecido um português com essa ideia, tenho que confessar que se deve a um espanhol a ideia e o empenho da criação das misericórdias. Chamava-se esse espanhol de nação, como então se dizia, Frei Miguel de Contreiras, nascido em Valência ou em Segóvia, não se sabe ao certo, religioso trinitário, quer dizer da Ordem da Santíssima Trindade, que em 1481 veio viver para Portugal, onde começou a pregar o socorro à pobreza e o alívio e tratamento dos doentes, como as manifestações mais «levantadas» da piedade. A sua palavra e a sua acção depressa se fizeram notar. 
Corria a cidade de Lisboa sempre acompanhado de um anão que conduzia um burro, com grandes alforges para recolher as dádivas em géneros que a população lhe oferecia por ele ser para eles o pai dos pobres, como lhe chamavam. Depois quando chegava ao largo da Sé, procedia à distribuição dos géneros recebidos por todos os necessitados que ali recorriam. E guardava alguns géneros para, pessoalmente, os ir levar aos presos das cadeias e a doentes acamados nas suas casas. Passado pouco tempo passou a ser o confessor da rainha e, como tal, a ter um acesso fácil à pessoa real e a possibilidade, se bem trabalhada, de influenciar o pensamento da rainha e levá-la a pensar nos problemas que ao frei Miguel Contreiras pareciam inadiáveis. E de tal maneira sensibilizou a rainha para a necessidade de se fazer algo que, em 1498, foi criada com solenidade, no claustro da Sé de Lisboa, mais propriamente na Capela de Nossa Senhora da Piedade, também conhecida por Capela da Terra Solta, porque o pavimento era em terra, a Confraria de Nossa Senhora da Misericórdia.
Mas, além do papel da rainha e de Frei Miguel Contreiras há que destacar a acção do Cardeal de Alpedrinha, D. Jorge da Costa que vivia em Roma e era pessoa de grande entendimento e que esteve várias vezes para ser Papa. Quando da eleição de Júlio II este ter-lhe-á dito que só era Papa em nome porque na realidade era ele o verdadeiro Papa. Já tinha sido conselheiro da rainha quando esta quis fazer o Hospital Termal das Caldas da Rainha e mais uma vez foi a pessoa a quem a rainha pediu ajuda e opinião antes de criar a Misericórdia. Terá sido por sua opinião que se seguiria o modelo de Florença no futuro Compromisso da Misericórdia de Lisboa. O Cardeal de Alpedrinha devia ser muito bom homem e na graça de Deus, pois sendo muito baixa a longevidade daquele tempo, ele conseguiu viver até aos 102 anos, devendo ser uma verdadeira excepção só explicável por graça divina.
E, desde então, foram os enfermos, até aí, sem amparo recolhidos numas casas provisórias, no Largo de Santo António, concedidas pelo Senado. Esta Confraria teria a sua sede nesta Capela até ao ano de 1534, ano em que foi transferida para um sumptuoso templo mandado construir por D. Manuel I, no local onde hoje se encontra a Igreja da Conceição Velha, na Rua da Alfândega e que já foi inaugurada por D. João III. Era uma igreja em estilo manuelino, sendo seus arquitectos Diogo Boytac e João de Castilho e que rivalizava com o Mosteiro dos Jerónimos e foi completamente destruída no terramoto de 1755. Da sua beleza ainda hoje se pode ajuizar pois a única parte que não foi destruída pelo terramoto, foi uma porta lateral virada a sul e que hoje representa a porta frontal da actual Igreja da Conceição Velha.
Ocupava uma grande área e além da grandiosa Igreja da Misericórdia de Lisboa que tinha de largura o actual comprimento da Igreja da Conceição Velha, tinha edifícios destinados a dois recolhimentos, secretaria, cartório e serviços administrativos. Nessa cerimónia foi estabelecido um Compromisso ou um regulamento como hoje dizemos, baseado no existente em Florença numa organização análoga e já existente desde 1350. O compromisso estabelecia que a Misericórdia não se destinava só a ter e gerir hospitais mas a cumprir as 14 obras de misericórdia, as sete do corpo e as sete do espírito. Que tudo se fizesse para tornar iguais os desgraçados aos afortunados. Auxiliavam-se as donzelas pobres a casar, as viúvas pobres com alimentos e dinheiro, os peregrinos com pousada e ajuda, os presos com advogados que os defendessem, os mortos com a possibilidade de enterros dignos e sobretudo os doentes com agasalho e curativo. Quando tudo isto se passou estava D. Manuel em Espanha, mas quando regressou, apoiou a acção da irmã e logo que pôde promoveu todos os meios possíveis para o desenvolvimento da Misericórdia, pelo que em 1516 criou uma dotação especial a que chamou a obra pia e mandou erigir um templo digno para aquela Confraria que acabou por ficar digna como ele pretendia, mas que infelizmente não chegou a ver. Após a destruição pelo terramoto de 1755 da Misericórdia da Rua da Alfândega, foram os seus serviços espalhados por vários edifícios alugados ou cedidos. E só no tempo de D. José e do Marquês de Pombal se resolveu esta situação insustentável, quando por Carta Régia de 6 de Fevereiro de 1768 foi entregue à Irmandade os edifícios que constituíam a Casa Professa dos Jesuítas e a magnífica Igreja de São Roque com os seus tesouros de arte sacra e que se encontravam devolutos havia meses por expulsão da Companhia de Jesus.
E, hoje continua a ser a sede da Misericórdia de Lisboa. Com o passar dos anos as Misericórdias foram espalhando-se por todo o país. Logo em 1498, Lagos, Tavira, Montemor-o-Velho, Angra do Heroísmo e Vila Praia da Vitória. No ano seguinte, Porto, Évora e mais umas tantas. Em 1500, Coimbra; Beja, Ponta Delgada e outras. Em 1501 apenas a de Setúbal e em 1502 a de Santarém e Olivença e quase todos os anos se foram fundando outras de que destaco a da minha terra natal, Chaves que data de 1516. No século XV fundaram-se 23 e 139 no século XVI. Todos os séculos se foram fundando Misericórdias e já no século XX ainda se fundaram 107. Com os descobrimentos portugueses as Misericórdias foram sendo criadas pelo mundo fora, existindo já em 1504 a de S. Tomé, a de Ponta Delgada em 1500 e a de Goa em 1511. Passou a ser normal que por cada Misericórdia que se fundasse se constituísse um hospital sob administração daquela Confraria. E a administração mostrou ser eficaz de tal modo que esta situação se manteve por vários séculos e ainda hoje vamos encontrar a vocação hospitalar das nossas Misericórdias, que tendo perdido alguns dos seus hospitais na sequência do 25 de Abril de 1974, têm vindo a recuperar essa função, dando provas de eficácia e qualidade de serviços. Nunca a Igreja e o seu poder estabelecido estiveram ausentes do processo de transformação dos cuidados hospitalares. Quando D. João II pensou em reunir as dezenas de pequenos hospitais de Lisboa num só, o de Todos os Santos pediu a devida autorização papal que lhe foi concedida por Bula papal de Sixto IV, em 13 de Agosto de 1479, mas apenas para ter efeito em Lisboa. Apenas em 21 de Fevereiro de 1485 o Papa Inocêncio VIII, através de Bula estendeu essa autorização a todo o país. O Hospital de Todos os Santos foi um dos que esteve sob administração da Misericórdia por alvará de D. Sebastião em que diz que faz essa entrega porque « por se ter visto, por experiência de muitos anos a fidelidade e zelo, fervor e caridade, com que os irmãos servem os cargos da dita irmandade e aceitam e sofrem os trabalhos dela, pelo que se deve com razão esperar redução de gastos e de muitos ordenados... por isso em todas as cidades e vilas do Reino se entregava às Misericórdias a administração e governança dos seus hospitais».
Começaram a deitar dois doentes por cama, como naquela época sucedia em vários hospitais da Europa e às vezes mesmo três. Por baixo destas enfermarias havia várias salas onde se acolhiam os peregrinos e os pobres que pediam esmola pela cidade. O pessoal médico era constituído inicialmente por um médico e dois cirurgiões, um dos quais dormia no hospital, mas passado pouco tempo eram já dois médicos e três cirurgiões e mais um mestre que curava o morbo serpentino. A arquitectura deste hospital era extremamente moderna e funcional, Para além daquele pormenor já referido de os doentes poderem assistir à missa das suas camas, causava admiração a quem visitava o hospital a forma como as camas estavam construídas, tendo todas um cacifo superior onde se guardava a roupa do doente e havia um sistema de porta falsa que permitia retirar os cadáveres dos doentes quando estes morriam, sem que os outros doentes disso se apercebessem. Havia também enfermeiros e enfermeiras para tratarem exclusivamente doentes do mesmo sexo.
