Tal como em Portugal funcionou a Escola Médica de Santa Cruz, também pela Europa foram funcionando várias, de que se destacaram pela sua importância na época, as de Monte Cassino e de Salerno, muito especialmente esta última. Mas os vários poderes sentiam que aquelas escolas não correspondiam inteiramente ao que delas se pretendia e houve um movimento generalizado de tentativas de melhoria, que acabaram por levar à fundação das universidades ou estudos gerais como grande parte delas se chamava.
Foram abrindo várias – Montpellier, Paris, Bolonha, Nápoles, Palermo, Salamanca – esta última criada em 1215, por Afonso IX. Naturalmente que em Portugal também se sentia essa vontade de melhorar o ensino, embora os sinais tenham sido um pouco tardios em relação à Espanha, França e Itália. A primeira notícia que se conhece relativa à fundação da universidade portuguesa, data de 1288 e consta de uma carta escrita em latim e dirigida ao papa, em que vários dignitários da Igreja, como o Abade de Alcobaça, os Priores de Santa Cruz de Coimbra, São Vicente de Lisboa, Santa Maria de Guimarães e Santa Maria de Alcáçova de Santarém, juntamente com mais 22 Reitores de diversas igrejas, solicitam «autorização para aplicarem as rendas eclesiásticas provenientes dos seus mosteiros e igrejas, no pagamento de um estabelecimento de Estudo Geral e dos mestres para ele necessários, uma vez que por falta dele, muitos desejosos de estudar e entrar no estado clerical, atalhados com a falta de despesas e descomodos dos caminhos largos e ainda dos perigos de vida, não ousam e temem ir estudar a outras partes remotas, receando estas incomodidades, de que resulta apartar-se de seu bom propósito e ficar no estado secular contra vontade». Esta carta deveria ter sido assinada pelos Bispos e preferencialmente pelo Rei, mas havia divergências várias entre os subscritores da carta e o Rei, por estes andarem a litigar com D. Dinis sobre jurisdições. Dois anos demorou o Papa Nicolau IV a responder a esta carta e a comunicar o seu acordo aos Estudos Gerais, o que fez através de Bula papal, publicada em Orvieto, em 9 de Agosto de 1290. Mas D. Dinis tinha-se antecipado ao Papa e tinha ordenado a criação do Estudo Geral, em Carta Régia dada em Leiria, em 1 de Março de 1290, para funcionar em Lisboa e onde se ensinaria Direito Civil, Direito Canónico, Medicina e Artes, estabelecendo-se que o grau de licenciado (o que tem licença) seria obtido perante o Bispo ou o Vigário Capitular de Lisboa e a sua obtenção permitiria, com a dispensa de qualquer outro exame, o exercício da profissão e o direito de ensinar. 
O que parece ter sido uma falta de respeito para com o Papa, por parte de D. Dinis, pode não o ter sido e este ter dado autorização oral, antes de dar a Bula. De facto, nela se lê, em determinada altura «Nicolaus Episcopus...Dilectis Filiis Universitati Magistrorum, et Scholarium Ulixbon, salutem et Apostolicum benedictionem...», o que faz supor que o Papa já tinha conhecimento do Estudo Geral, quando de uma forma tão clara e tão descriminada se refere a professores e alunos da Universidade de Lisboa.
Instalada desde 1290 em Lisboa a Universidade portuguesa, sofreu durante séculos mudanças constantes, ao sabor das vontades e conveniências do poder, dos professores e penso que nunca dos alunos, nem do ensino, ele próprio, embora a maioria das vezes a justificação primeira para fundamentar a mudança, fosse em nome de um melhor ensino, ora para afastar os estudantes da cidade grande e da perdição que oferecia, com consequente afastamento das aulas, ora por razões de facilidade de contratar mestres estrangeiros que só se queriam ver na cidade grande, onde podiam ganhar mais. Diziam. Mas, seria assim? A verdade é que logo dezassete anos depois, em 1307, a Universidade foi transferida para Coimbra e instalada no edifício que mais tarde viria a ser o Colégio de S. Paulo e aonde hoje se encontra a Faculdade de Letras. A cidade dispunha nessa data do Hospital de São Marcos e do Hospital de Santa Isabel da Hungria situado junto do Convento Velho de Santa Clara e fundado pela Rainha Santa Isabel, em 1290, ano em que a universidade foi criada em Lisboa.Em 1338, a Universidade vai novamente para Lisboa e em 1354, regressa novamente a Coimbra.
Em 1377, Lisboa recebe-a novamente, continuando aí até ao ano de 1537, data em que D. João III a transfere definitivamente para Coimbra.
Desde 1290 até 1493, o curso de medicina tinha apenas uma cadeira. Foi D. João II quem ordenou que o curso passasse a ter duas cadeiras – a de Prima e a de Véspera.Não foi pelo simples facto de se chamar universidade que o curso de medicina era bom. Tempos houve em que o ensino era muito mau, com professores mal habilitados, tendo-se chegado ao estado degradado de os alunos não precisarem de fazer exames ou actos, como se dizia, e bastava a simples função de estudante ou apenas o facto de estar inscrito como estudante, para garantir acesso a determinados cargos e funções, uma das quais era o ensino. Imagine-se o despautério. Havia alunos que queriam mesmo aprender e tinham necessidade de ter lições fora da universidade, que pagavam bem, de tal modo que começaram a aparecer verdadeiras escolas privadas. A situação era tão escandalosa que o Mestre de Aviz sentiu a necessidade de determinar que todos aqueles que «lessem» fora da universidade, sofreriam penalidades que consistiam na multa de 10 libras se o estivessem a fazer pela primeira vez, 20 libras na segunda vez e à terceira seriam expulsos.
Os professores nem sempre eram bem escolhidos. Há conhecimento de um caso que é bem exemplo disso. Tendo o lente João do Rego transitado da cadeira de Véspera para a de Prima, reuniram o Reitor, Lentes e Conselheiros para procederem à eleição do substituto de João do Rego, quando comparece perante eles Mestre Afonso, físico do Rei, que lhes apresentou uma Carta Real em que este lhes pedia que «por aquela vez apenas» lhe fizessem mercê da cadeira de Véspera para o apresentante da carta que «para isso é mui douto, como sabeis». A cunha é realmente uma instituição portuguesa!
No tempo em que só havia uma cadeira o grau de licenciado era obtido ao fim do tempo que o Lente determinasse e que era variável de aluno para aluno e dependia do grau de interesse e aplicação que este demonstrasse ou da menor ou maior simpatia que o Lente tivesse por ele.No tempo de D. Fernando, foram criados os graus de Bacharel e de Doutor, sendo precisos 3 anos lectivos, com oito meses de aulas cada um, para a obtenção do grau de Bacharel e de 4 anos para o de Doutor. No fim deste tempo, os mestres e doutores tinham que se pronunciar, sob juramento, que o candidato era suficiente por ciência e costumes para o grau pretendido.
Após os Estatutos Manuelinos, passou a ser necessário à obtenção do grau de Bacharel uma frequência de 5 anos e previamente obter o grau de Bacharel em Artes. Para obter a Licenciatura havia teses e defesa de argumentos, em pontos tirados de Avicena e Galeno. Para a obtenção do grau de Doutor era necessária uma lição e uma rápida discussão.Era natural que os professores não fossem os melhores ou não se interessassem tanto quanto deviam pelas aulas que davam e pelo que ensinavam. Eram discriminados e sentiam-se por isso. Na mesma Universidade, enquanto o Lente de Leis ganhava 600 libras e o de Cânones 500 libras, o de Medicina ganhava apenas 200 libras. Custa a entender, mas era assim. O estado da Universidade portuguesa não era o melhor, o que explica que uma grande quantidade de portugueses fosse fazer o curso de Medicina em universidades estrangeiras, especialmente em Salamanca. E eram tantos os que iam, que o Rei resolveu penalizá-los. Não só obrigando-os a pagar 20 coroas à Universidade portuguesa, como obrigando-os a prestar provas perante o Físico-Mor do Reino, o que colocava as outras universidades em desigualdade e subalternidade com a portuguesa, embora fosse verdade que a maioria delas administrava um ensino de melhor qualidade.
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